検索エンジンサイト各社ではプログラムにより作られた、内容に意味の無い文章だけのアフィリエイト広告を表示するためだけのページや、プログラムを利用した単語の繰り返し、アフィリエイト広告だけが載っているようなページを意図的に弾く仕組みを構築している（プログラムにより作られた内容に意味の無い文章だけのブログもあり、それらはスパムブログ、またはスブログなどという名前で呼ばれている）。
検索エンジンサイトGoogleでは、アフィリエイトを行っているからといって、サイトを検索エンジンのインデックス（登録）から弾くことはないが、内容のない（スパムブログ等）は検索エンジンにインデックス（登録）しないと公式に表明している。
海外ではこのアフィリエイト報酬を得るためのスパムブログが非常に問題になっている。ロボット型検索エンジンでは人間ではなく、コンピューターがページを読み取っている。そのためプログラムによって作られた、文法上は正しいが意味のまったく無い文章を通常の文章ではないと見抜くことができず、検索結果に意味の無いページが表示されてしまう。（近年は検索エンジンシステムの性能が上がり、見抜けることも多くなってきた）
日本でもこのようなプログラムは一般向けに数千円〜数万円で販売されており、簡単に購入できる状態にある。
また、オーバーチュア、グーグルアドワーズ等の検索エンジン広告を用い、アフィリエイトサイトを商品の
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元サイトのように見せかけ集客し、アフィリエイト報酬を得ようとするなどの行為もあり、これらの行為はASPではなく、ASPに広告を出稿している企業が直接禁止している場合が多い。
ただ、上記の様な
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広告を掲載する側の問題点の他にEC、広告主と呼ばれる広告出稿側の不正も存在する。一方的な広告掲載側の不正だけが問題とされる訳ではなく、広告主による不正も存在する。具体的な広告掲載側の不正行為として、以下のようなケースが挙げられる。
商品、サービスが成約したにもかかわらず、報酬としてカウントされない
報酬としてカウントされたあと、その報酬が支払われない
ただこれらは、「内部規定に照らし合わせて不当な請求だったため」などの理由付けが行われることも多く、果たしてどのような内部規定だったのかも不明確となりがちな可能性を含んでいる。この広告主側の不正に関してはASPですら及び腰であり、このような場合、広告掲載側は一方的な不利益を蒙る可能性があるといえよう。
特に悪質な広告主の中には申し込み数に対して報酬支払いの割合が常に数%台という極めて不正が疑わしいケースも存在する。これは100件の申し込みに対して数件しか受付してないということである。これで経営が成り立つ会社は極めて稀である。またこのような極めて不正が疑わしい広告主になんら対応をしないASPにも問題がある。
ASPの中には、問い合わせメールの回答者は誰か質問しているにもかかわらず、回答者の名前を知らせることすらしないところもある。
監視カメラ
のビジネスの常識では有り得ないことであり、不透明な業界の体質の一端をうかがわせている。
アフィリエイト広告掲載側にできることは、広告を張る前に広告主のサイトをチェックし、アフィリエイト報酬支払いの逃げ道を作っていないか調べ、もし逃げ道が存在していたならASPに不正を通報する等の対策がある。広告主側による広告掲載側へのアフィリエイト報酬支払いの逃げ道を発見した場合、不正を通報する事をうながし、不正をなくそうとしているASPも一部ある（現在、このようなASPは非常に少ない）。
このような状態であるので、
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主よりアフィリエイト広告掲載側のほうが現在では立場が弱いといえるかもしれない。
また、過去は「1私企業の広告主側→ASP→広告掲載サイト群」と言う流れでネット広告その物は供給されていたが、現在は「広告代理店→ASP→広告掲載サイト群」と言う流れになりつつある。広告代理店はテレビ局などのCM、CFなどを手がけるような有名な企業が主に行っている。このような広告代理店のネット広告への影響が急拡大しつつあり、寡占化が急速に進行している。
広告主の中には、成果報酬支払いの意思が全く無い悪質業者が存在すると推測される。報酬支払い率（業界ではおおむね承認率と呼ばれている）数%の広告主は承認率を名目上、0%にはできないため、一応支払いを実行しているとの名目を作るために数%の支払いを実行している過ぎないと推測される。これらの悪質広告主の中には知名度の高い上場企業も含まれ、企業の知名度・規模では全く判断できない。
前の項目のアフィリエイトの問題点でも承認率の不自然な低さに触れているが、それに加えて、報酬支払い確定までの期間が極端に長い広告主が存在する。中には報酬確定まで半年以上という広告主も存在する。報酬確定まで長期にもかかわらず報酬キャンセル実行は早く2、3週間でキャンセルされ、最終的に数%のみ承認されるケースがある。そして比較的短期間で広告から撤退したり、一旦広告を停止にしたりを繰り返す。
具体的な例としては、
脱毛
のようなものが挙げられる。
正当な成果を却下にしてしまうケース。このケースが一番多い。広告主側が認証作業（成果を承認するか却下するかの作業）する権利を本システムの特性上保有している為、これを悪用し、正常なアクションを却下にする行為。これは特定のとあるシステムを持つサイトであれば、却下されたアクションを広告会社に問い合わせて承認にさせる事も可能であるが、一般的なサイトはそのような事は出来ない。また一般的なサイトがASPに問い合わせても、却下された中の人が実際にどのように動いて本当に成果となったかどうかの見極めが不可能な為、広告主が適当な理由を付けて結局は支払われないと言う事が頻発している。広告主に全ての最終判断が委ねられると言う、アフィリエイトシステムの最大の欠点と言え、適当に認証作業を行われた場合、ASP、広告掲載側サイト双方が完全に損をする。アフィリエイトと言うシステムはまだまだ不完全と言える。
会員登録を行う事により発生する成果条件として、会員登録をし、会員登録先サイトで実際に特定の行動しないと成果条件を満たさないケース。このケースの場合、会員登録が成果到達地点であると銘打っているものの、実際には会員登録のみでは成果とならない為、客が誤認しやすい。このような広告の場合、総じて承認率が非常に低く、更に成果条件を満たしているはずなのに、広告主側の成果調査項目が増えている事も相まって、誤認、または意図的に却下されるケースが多発している。またこういう成果条件の場合、承認されるまでの期間が広告成果条件の必要性上、非常に長くまた実際の承認率を見ても、非常に低い。ASPが現在監視しているケースもある。100件の申し込みがあっても、実際には5件も承認がなかった等と言う通常ありえない事も発生するのが本広告形態の特徴である。掲載を見送るべき典型的な騙し広告である可能性が高い。またどれだけ誘導しても
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が発生しづらく、成果確定も長い。
大手ショッピングサイトで常に問題となっているケース。客をショッピングサイトに誘導し、商品購入で成果が発生する。報酬金額は購入金額の1〜5％が多い。5％以下の承認率であるとされ、悪質広告主であると推測される。本来ASPが率先して状況改善すべきであるが、有力企業のため掲載中止がなされない場合と、ASPと広告主が一体になって利益共有してると推測される。
本来の目的を騙す、または隠しているケース。アフィリエイト広告をクリックすると一見正常なページに見えるが、実際に登録すると出会い系やアダルトサイトへ誘導する広告。メールアドレスを該当広告主に登録すると、出会い系、アダルト系特有のねっとりとしたメールが多数寄せられる。更に酷い所は勝手にメールアドレスを別の業者へ転売する事を目的として広告主を行っているような非常に悪質なケースもある。このケースも通常はASPが監視すべきであるが。事前事後調査をすべき広告主が増えてきている。
金融広告でよく見られるケース。承認率が非常に低く、成果が上がらないケース。クレジットカード (日本)、商工ローン、消費者金融などの金融系に多い。特定の分野のサイトは成果追及できる為、却下されたものをASPに調査依頼する事で承認に変える事も出来るが、一般的に通常に誘導して、成果を待つだけのサイトは却下された理由は不明で、通知されたらそれで終わりなのが現状である。広告単価が他の広告と比べ、金融系は数倍〜数十倍なので広告搭載者も非常に多く、金額的には最大の不正未払い被害を出していると推測される。昨今の金融規制などが経営を圧迫しているとされ、さらに不正が横行していると推測される。