バージョン4.0では、新しく開発されたTridentのブラウザエンジンを利用。また新しい試みとしてチャンネルと呼ばれるプッシュメディアが採用されたが、当初の期待に反して普及しなかった。当時は常時接続が一般的ではなかったのが原因だといわれている。
Windows 98の普及と共にInternet Explorerのシェアは拡大し、第一次ブラウザ戦争の時期にはバージョン4.0、そしてバージョン5.0が市場シェアをNetscapeから奪い続け、1999年頃にはブラウザ市場において世界トップシェアのウェブブラウザとなった。印刷プレビューを搭載したマイナーチェンジ版のバージョン5.5も登場した。
Windows 95（OSR2.5では標準装備）やWindows NT 4.0にInternet Explorer 4.0をインストールすることによって、Windows 98に近い操作性を実現することができた。
2001年8月27日に公開。このバージョンでは、DHTMLの拡張、CSSレベル1、DOMレベル1とSMIL 2.0への部分的な対応、内容制限されたインラインフレームのサポートがなされた。他にメディアバー、Windows Messengerの統合、エラー報告、自動画像サイズ変更、P3PとWindows XPビジュアルスタイル (Luna)での表示が新機能として含まれる。
Windows XP Service Pack 2による新機能と仕様変更
Windows XPのSP2適用後のInternet Explorerでは一部機能が変更され、メディアバーが廃止された。また、情報バー機能が搭載され、ポップアップブロック、ActiveXのインストール確認、ActiveXブロック時の警告、自動ダウンロードのブロック、ローカルファイルのJavaScriptとActiveX利用のブロック（ローカルファイルのみで起こる現象と知らず、ファイルをアップロードしてもこの問題が起こるのだと錯覚するユーザーも時折見受けられる）を画面上部で通知するようになった。
2006年4月の月例パッチによる仕様変更
米Eolas社との特許侵害訴訟問題[2]から、ActiveXを利用して埋め込まれるメディアプレーヤーやFlashの自動実行をブロックするように仕様が変更された。これによりマルチメディアの自動的な再生などは遮断されないが、埋め込まれたコントロールを操作するときは一旦クリックを行ってアクティブ状態にする必要がある。
尚、この問題はウェブページ側の記述を変更することで回避可能。またIEコンポーネントブラウザは原則この影響を受けない。
Eolas社との和解に伴い、2008年4月に以前の挙動にもどすためのパッチが提供される予定。[3]
Windows Internet Explorer 7 (IE7) ではタブブラウザ、検索エンジン用の検索窓、フィードリーダーなど、他のブラウザで既に実装されている機能や、フィッシング詐欺対策、特定のスクリプトをやや厳しいレベルで自動ブロックする機能等が追加されている。
Windows Vista には標準でインストールされている。 それ以外は Windows XP Service Pack 2 (SP2)、Windows XP Professional x64 Edition、Windows Server 2003 Service Pack 1 (SP1) 対応で、 マイクロソフトのダウンロードサイトにて
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されている。日本語版のIE7は、2008年2月13日に自動更新により配布された。なお、英語版のIE7は、2006年11月1日に自動更新により配布されている[4]。
当初、IE7のインストールにはWGAによるアクティベーションが必要であったが、2007年10月4日の更新以降はアクティベーションは不要となった。 Windows Vistaに搭載されているIE7とWindows XPにて利用可能なIE7は、細部の仕様が異なっている。
次世代WindowsのWindows VistaがリリースされるまでWindows Internet Explorer 7.0はリリースされないとされてきたが、2005年8月にはWindows XP Service Pack 2向けのβ版がテスタ向けに公開され、2006年2月にβ2（日本語版は2006年5月）が、さらに2006年6月にはβ3（日本語版は2006年7月）が、2006年10月18日には正式版（日本語版は2006年11月2日）が公開された。
2007年10月4日、マイクロソフトはWindows XP SP2用のIE7の日本語版が誤ってMicrosoft Updateの「優先度の高い更新プログラム」に含まれてしまい、自動更新によりユーザーの意に反してアップデートされてしまった可能性がある旨を発表した[5] （直ちに「優先度の高い更新プログラム」からは外された）。
なお、2005年8月12日（米国時間）にはIE7のアイコンがマイクロソフト公式ブログで公開され、名前もMicrosoft Internet ExplorerからWindows Internet Explorerに変更される事が公表された。また、付属のメールクライアントであるOutlook Expressの同時バージョンアップは無くなった。
次のような不具合が確認されている。
Vista版ではIMEでユーザが作成した辞書が、保護モードの状態では使用できない、という問題がある。辞書を使用したいサイトを、インターネットオプションで「信頼済み」サイトにして保護モードを部分的に無効にするか、保護モード自体を
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にすれば使用できるが、その場合はセキュリティに対するリスクが高まり、問題が発生しても自己責任となる。
これはVistaに搭載されたユーザーアカウント制御 (UAC) の整合性レベル(IL)が原因である。保護モードのIEは低ILで動作しているが、IMEは中ILで動作しているため、IEからIMEへ通信ができないためである（低いILのプログラムから高いILのプログラムへのアクセスは許されていない）。保護モードを解除すると中ILで動作するため、正常に使用できる。また、UACを解除すると全てのプログラムが高ILで動作するため、こちらも正常に使用できる。
フレームを使って表示するウェブページで、旧バージョンのIE6では正常に表示できたページが、IE7で正常に表示できないという不具合が一部で確認されている（ただし、フレームの利用は現在では推奨されていない）。大幅な仕様変更によりIE6以前の機能・仕様に依存していた多くのWebサイトは、ページの修正を余儀なくされているケースも多い。
Windows XP SP2以前の環境にIE7をインストール後、Windows XP SP3へアップデートすると、IE7が削除できなくなる。
また、Internet Explorerの
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ではないが、Photoshopで作成したPNGファイルが正常に表示できないことがある。これはPhotoshopが書き出すPNGファイルに問題（gAMAチャンク情報への記述）があるためであるが、Firefoxでは正常に表示されることからInternet Explorerの不具合と勘違いすることがある。正常に表示させるためにはPNG画像内のgAMAチャンクを削除するとよい。
この節には現在開発段階におけるベータバージョンのソフトウエアに関する記述があります。
マイクロソフトはIE7リリース直後（2006年）より次期IEの開発をスタートさせた。2007年12月5日にIEBlogに投稿された
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により、名称がInternet Explorer 8になったと正式に発表された[6]。
IE8の目標は、既存のWebを壊すことなく適切な標準を優れた実装でサポートすること、また第2の目標として、IE7で起きた問題を避けることが挙がっている。IE7ではCSSの改良で一部標準への準拠を強化したものの、それにより一部Webサイトの表示に問題が出たが、IE8ではIE6およびIE7に対応したWebページが機能するよう、標準サポートと後方互換性を改善しなければならないとしている。IE8では、使い勝手が全般的に改善されるほか、ブログなど新種のWebサービスのサポートが強化される。セキュリティも最優先事項の1つ。開発者向けには、クライアントサイドの新しいスクリプティングAPIが追加され、標準のサポートも強化される。米国時間2008年3月5日、IE8 beta1を英語版のみで公開した。 2008年8月28日にはbeta2の英語版，日本語版，簡体字中国語版，ドイツ語版を同時公開し、9月17日にはアラビア語版、中国語(繁体字・香港)版、チェコ語版、デンマーク語版、オランダ語版、フィンランド語版、フランス語版、ギリシア語版、ヘブライ語版、ハンガリー語版、イタリア語版、韓国語版、ノルウェー語版、ポーランド語版、ポルトガル語(ポルトガル・ブラジル)版、、ロシア語版、スペイン語版、スウェーデン語版、トルコ語版も公開された。 なおRTM版の公開は、2008年8月末の時点では2008年11月とされていたが、11月20日になって2009年の第一四半期にRC版をリリースすることが公表された。またRC版は現在開発中の次期OSであるWindows 7のBeta版にも対応する予定という。
IEはこれまで独自規格を積極的に採用してきた。JavaScriptに
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し、これとある程度の互換性を持つスクリプト言語JScript、独自仕様のスクリプト言語VBScript、Javaアプレットに対抗したActiveXコントロールなどIEのみで利用可能な様々な技術の実装を行っている。なお、VBScriptはWindows版IEのみがサポートし、Mac版では非サポートである。
それ以外にも、入力補完、パスワード管理、画像縮小表示、印刷プレビューなど、バージョンアップ毎に次々と新機能を盛り込んでいくのがこのブラウザの特徴であった。しかし、現在では新しいバージョンのリリース間隔が長くなってきている。
なお、ActiveXコントロールを多用するなど、IEに依存したウェブサイト（Microsoft Updateなどが代表例である）は、IEでしか閲覧できない場合もあるので注意を要する。
Windows 98の登場以降、IEはWindows OSに無償でバンドルされるようになり、次第にウェブコンテンツを作成する側からは事実上の標準（いわゆるデファクトスタンダード）とみなされるようになった。また、Netscape Navigatorと比較するとレンダリングエンジンの表示時間が速く、OSとの関係も深いためブラウザの起動時間が速かった。それらの理由により最盛時には95%以上の市場シェアを占める事となった。
その後、IEのレンダリングエンジンを利用したIEコンポーネントブラウザも多数登場し、独自の機能やカスタマイズ性で人気を博した。これにより、IEのシェアが底上げされることになった。
しかし、Firefoxなどの非IE系の次世代ブラウザが
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し、第二次ブラウザ戦争が発生した。OneStat.comによる調査では2007年1月現在で85.81%となり、IEの独占状態は弱まったといえる[7]。
また、Internet Explorer for Macは、Mac OS 8.1からMac OS X v10.2まではデフォルトのウェブブラウザであった為、Macでのシェアも高かった。現在では開発元のアップル製ブラウザSafariの登場と、Internet Explorer for Macの開発とサポート・配布が終了したことで、マイクロソフトも代替としてSafari等の使用を推奨し[8]、Macでのシェアは低下した。