検索という行為が一般化するにつれて、各種目的別に多様化した検索エンジンが現れるようになった。品詞をクラスターさせて検索するMooter、ブログの情報に特化した検索TechnoratiやblogWatcher、商品情報の検索に特化した商品検索サイト、サイトの見た目で検索するMARSFLAGほか、次々と新しい検索エンジンが生まれている。
また、検索エンジンでは判断できない抽象的な条件などでの検索を人手に求めた、OKWaveや人力検索はてななどの「人力検索」「ナレッジコミュニティ」と呼ばれるサービスも登場した。
最近では、携帯電話からもサイトを検索する傾向となり、GoogleやYahoo!、froute.jpをはじめとする携帯向けのモバイル検索サイトが登場し活気がでている。
ソフトバンク・Yahoo! JAPANがボーダフォンを買収し、KDDIがGoogleと提携するなど、携帯電話の分野で検索エンジンの戦いが激化してきている。モバイル検索の分野は長らく公式サイトと呼ばれる世界がユーザーの囲い込みを行っていたため脚光を浴びることが少なかった。
近年携帯型・据置型問わず家庭用ゲーム機にインターネット接続機能が搭載されるようになり、こういった世界でも検索エンジンの戦いがまもなく起こるのではないかとの見方もある。
2006年頃から日本ではアドレスを表示せず、検索キーワードを表示するテレビコマーシャルなどが急増している。大抵はキーワードが書かれた状態の検索フォームとボタンを表示し、マウスクリックを促す演出がなされている。コマーシャルでURLを表示するのに比べてアクセス数を獲得しやすいことが増加の要因である。しかし検索結果に企業にとって不都合な情報が現れる場合があるため、グーグル八分のような検索結果の操作が行われるケースも考えられる。
Googleなどのウェブ検索エンジンでは、データベースの検索結果など多くの動的ページが検索対象になっていない。このような動的ページは「深層ウェブ」「見えないウェブ」「隠されたウェブ」などと呼ばれている。静的ページの500倍の量が存在し、多くは無料だといわれる。深層ウェブは、一般の検索エンジンなどからデータベースなどを見つけ出すか、直接アクセスした上で、それぞれの検索機能から再度検索しなければならない。
このようにWebページが深層と表層に分かれてしまう背景には検索エンジン側が晒される法的リスクがある。深層にあるものは必ずしも検索エンジンから検索されることを前提としていないものも多い。すべての深層データが検索エンジンから検索可能な状態になっていた場合、動的ページの情報提供者の存在意義を脅かす可能性もある。本来であれば非公開とされているようなデータが誤って検索されてしまうという可能性も高くなる。さらに、データベースと連動する動的ページをクローラーが集中的にクロールすると、データベース側の負荷が上がるためサーバ速度の低下やシステムダウンを引き起こす危険が高まる。このようなことから検索エンジンは技術的に深層に入り込めない訳ではなく、あえて避けていると推測することができる。実際、中国の検索エンジン百度は集中的なクロール活動を続けた結果、多くのサーバ管理者から一斉にクレームを受け、クロール活動を大きく制限せざるを得なかった。
検索エンジンは、その仕様上インターネット上のコンテンツを複製してキャッシュとして保存するようになっている。このような仕様は、日本では、著作権法上、問題があるため、検索エンジンの仕様を合法とする海外（米国など）の
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に置かれている。
しかし、これでは日本人が検索している内容が米国に筒抜けとなってしまい、国益上好ましくないと考えられる。そのため遅ればせながら、経済産業省が日本国内でも検索エンジンサービスが行えるように著作権法の改正や検索エンジンの開発に取り組むと発表した。[1]
近年、アフィリエイトを利用した大量のリンクを獲得した企業サイトが検索結果の上位に表示される傾向があり、公平性に疑問の声がある。加えて企業が自社の運営する複数のサイト（中には数百も運営していると見られる企業もある）間で、組織的に相互リンクを実施し、検索結果を操作しているとの指摘がある。
競争が激しい分野（特に金融・保険等）では企業が、上記のようにアフィリエイトと自社の複数のサイトからのリンク集中等で総合的に検索結果上位表示を実行しており、例え優良なコンテンツを作ったとしても、個人サイトの上位表示は難しくなってきている。特に競争が激しい分野は、検索結果で1ページ目の表示となる10位以内に表示させるのは非常に難しい。
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検索エンジンを利用したストーカー行為の事例も発生するようになってきた。個人の氏名で検索すると非常に詳細な個人情報が取得できるケースもあるが、個人情報の削除要請に対し検索エンジン各社は、元のページの作成者に一切の責任があるとして、応じない方針を取っている。Yahoo!では削除要請を依頼するための連絡先すら掲示せず利用者からの依頼を無視することでこの問題に対処する方針をとっている。検索エンジンの利用のうち30%程度が個人情報に関連する検索で占められており、プライバシー問題は検索エンジン各社にとって触れられたくない問題であるのは事実である。
SNSなどの代表されるサイト
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では本名での登録を促しているが、これは名前さえわかればSNSサイトの検索機能で容易に個人を特定可能であり、自らに関連するカテゴリへの参加（喩えば卒業校）や公開された参加者間の会話などで、容易に個人の情報を推測・取得できる。クローズドなサイトで公開されていたものであっても、一般公開サイトに転載されてしまうケースがある。検索機能がストーカー行為を助長しているという指摘もある。
近年になって問題となっているものに学校裏サイトがある。その多くが、特定個人名を挙げての誹謗中傷を主にしたものであり、学校名では検索できない場合でも、個人名で検索するとその存在が判明するものも多い。不特定多数のものが匿名で作るサイトであるため、サイト管理者に対応を求めることが困難であるケースが多い。こういったケースでは検索エンジンからの削除を求める以外に被害の拡大を防ぐことは難しいが、検索エンジン各社は明白な誹謗中傷の場合であっても個々の削除依頼者に不必要なほどの詳細な説明を求めることが常態化しており、不明確な基準により削除をせず、誹謗中傷が引き続き検索エンジンで検索されつづけることも多い。
中国の検索エンジンでは反政府的な内容や政府が弾圧しているといわれる宗教団体に関する情報は検索結果に表示されなくなっている。Googleなどは検索結果の中に「表示されている内容は一部法律に基づいて省略されている」という記述があるが、結果的に中国政府の言論弾圧に手を貸しているという批判がある。同様の批判はYahoo!やMSNにも向けられている。
こうした露骨な言論弾圧以外にも、上場企業のウェブサイトがスパムと判断され検索結果に掲載されなくなるということがある。検索サイトに表示されることは企業や商用サイトにとって莫大な利益を還元することであり、同時に検索されない場合の不利益は非常に大きい。
インターネット上で実名を挙げて誹謗中傷された場合、検索エンジンの力によりその効果が大幅に増幅される。この誹謗中傷に関する検索結果に対し、Googleでは "通信品位法第 230(c) 条に基づき、弊社では、Google.com での検索結果から中傷的なコンテンツを削除することを行っておりません。" とし、削除しない方針を明示している。他の多くの検索サイト運営会社は、誹謗中傷に関する検索結果について、インデックスからの削除についてはあいまいにしつつも、不削除の方針を取っている。
膨大なインターネット上の情報を
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に調査するには大手の検索エンジンを利用するほか方法が無い。このためURLがあまり知られていない無名なウェブサイトやドキュメントなどに関しては検索エンジンに検索結果として表示されなければ、その情報にたどりつく可能性が著しく少なくなってしまう。表示されなくなる基準は露骨な検索エンジン最適化テクニックを使用しているサイトや各国の法律等に反しているサイト（下記中国の例）、公序良俗に悖るサイト（アダルトサイト、誹謗中傷が主体のサイト等）と考えられているが、その明確な基準はGoogleを除いては各社共に不明瞭であり、検索結果から削除される際の該当ウェブサイトへの警告は基本的にない。各社とも、検索エンジンスパムには厳しい姿勢を取る反面、公序良俗に反するサイトの非表示には消極的である。
検索エンジン各社にとって、公序良俗に反するサイトをも含め検索できるような状態にしておくことが結果として自社の検索エンジンのシェアを高めることになるため、積極的に不適切なサイトを排除するという動機は働きにくい。
いわゆる「使用言語からみたインターネット人口の割合」はInternet Archiveを用いてEuro MarketingとGlobal Reachから過去の月次資料を整理すると次のような推移を辿っている。
1995年以前のInternet Societyによれば
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で用いられている言語のうち英語が占める割合は85%とされていたが、その後のITの進歩や各国のインターネットの普及により多言語化が進み、上表に見られるように2000年の年末には英語と非英語の言語人口が逆転し、その傾向は継続している。
2005年2月2日の時点で、WWW検索エンジンの代表格であるGoogleでは80億を越す8,058,044,651ウェブページが登録されている。検索エンジンの利用者はそれら80億を越すウェブページから求める情報を容易に引き出せると思い込みがちであるが、例えば日本語入力のできないコンピュータなどの端末を用いて日本語サイトを検索することは容易ではない。同様に非英語圏の言語間の検索は中間に翻訳エンジンを介さないと検索作業は難しい。
インターネットの多言語化が今後も増加すると仮定した場合、言語間の壁をどのように乗り越えるかは今後の検索エンジンが抱える課題の一つとして挙げることができる。
2004年頃から、各種広告で目的のアクセス先URL（アドレス）を記す代わりに、社名や商品名などを検索エンジンで検索させるように仕向ける広告が多くなっている。このような変化が生じた理由は不明であるが、各メディアの広告掲載基準の変更などが考えられる。